Γεννήθηκε στο Ηράκλειο της Κρήτης, το οποίο εκείνη την εποχή αποτελούσε ακόμα μέρος της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, στις 18 Φεβρουαρίου του 1883. Ήταν γιος του Μιχάλη Καζαντζάκη (1856 - 1932), που γεννήθηκε στο χωριό Βαρβάροι (σημερινή Μυρτιά) και της Μαρίας (+1932) και είχε δύο αδελφές.